Im Zentrum der Tätigkeiten des Instituts des Bundesamtes für Wasserwirtschaft in Petzenkirchen stehen Untersuchungen im Bereich des Bodenwasserhaushaltes. Ziel ist es, die Belastung von Grund- und Oberflächenwässern durch belastende Schadstoffe zu verringern. Forschungsschwerpunkte sind die Betrachtung von Oberflächenabfluss verbunden mit Bodenerosion und oberflächlich wirkendem Stofftransport sowie Stofftransport und Bodenwasserhaushalt im Boden selbst. Ein wesentlicher Fokus der Untersuchungen des Instituts liegt dabei auf Forschungen rund um den Problembereich Nitrat im Grundwasser. Zusätzlich werden auch Fragestellungen im Bereich des quantitativen Bodenwasserhaushalts behandelt, so zum Beispiel jene nach der Menge an durch die Landwirtschaft produziertem Wasser.